เมื่อวันที่ ๘ กุมภาพันธ์ ๒๕๖๕ เวลา ๙ นาฬิกา อัยการสูงสุดได้ยื่นฟ้องนายอนุรักษ์ ตั้งปณิธานนท์ เป็นจำเลยต่อศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ตามคดีหมายเลขดำที่ อม.๔ /๒๕๖๕ โดยกล่าวหาว่า จำเลยเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร แบบแบ่งเขตเลือกตั้ง จังหวัดมุกดาหาร สังกัดพรรคเพื่อไทย และเป็นกรรมาธิการวิสามัญ พิจารณาร่างพระราชบัญญัติงบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๖๔ และเป็นอนุกรรมาธิการแผนงานบูรณาการ ๒ ในคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาร่างพระราชบัญญัติข้างต้น มีอำนาจหน้าที่พิจารณางบประมาณเกี่ยวกับการบูรณาการทรัพยากรน้ำของ ๙ กระทรวง ๑๗ หน่วยงาน และสรุปผลรายงานผลการพิจารณาเสนอคณะกรรมาธิการวิสามัญ พิจารณาร่างพระราชบัญญัติข้างต้น ซึ่งที่ประชุมคัดเลือกให้จำเลยเป็นรองประธานคณะอนุกรรมาธิการคนที่ ๑ ภายหลังที่ประชุมพิจารณาภาพรวมงบประมาณของกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม วันที่ ๔ สิงหาคม ๒๕๖๓ เวลากลางคืนหลังเที่ยง จำเลยโทรศัพท์พูดคุยกับนายศักดิ์ดา วิเชียรศิลป์ อธิบดีกรมทรัพยากรน้ำบาดาล เพื่อเรียกรับเงินจำนวนหนึ่งแลกกับการไม่ตัดงบประมาณของกรมทรัพยากรน้ำร้อยละ ๑๐ ทำให้เกิดความเสียหายแก่กรมทรัพยากรน้ำบาดาลและเสียหายต่อทางราชการ ขอให้ลงโทษตามพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ. ๒๕๖๑ มาตรา ๑๗๒, ๑๗๓ ประมวลกฎหมายอาญา ๑๔๙, ๑๕๗
จำเลยมาศาล และได้รับอนุญาตให้ปล่อยตัวชั่วคราว
ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองนัดฟังคำสั่งว่าจะประทับรับฟ้องหรือไม่
และนัดพิจารณาครั้งแรกในวันที่ ๑๒ พฤษภาคม ๒๕๖๕ เวลา ๙.๓๐ นาฬิกา